Samice mají párové vaječníky, zavěšené na mezenterií ve stejných místech, kde se u mužů nacházejí varlata. U nezralých samic mají vaječníky podobný vzhled jako varlata. Wolffův kanál u žen plní pouze funkci močovodu. Müllerovy kanály jsou dobře vyvinuté; každá z nich leží na ventrální ploše příslušné ledviny. U většiny chrupavčitých ryb přední konce Müllerových kanálků – u samic fungují jako vejcovody – obcházejí přední konec jater a sloučením tvoří společný trychtýř vejcovodu; leží na ventrální ploše centrálního laloku jater a u zralých samic má široké, třásnité okraje. U několika druhů končí každý vejcovod samostatně nálevkou. V oblasti přední části ledvin tvoří každý vejcovod prodloužení – skořápkovou žlázu (silně vyvinutou pouze u pohlavně zralých jedinců); nápadně zvětšená zadní část vejcovodu se nazývá “uterus”. Vejcovody pravé a levé strany ústí do kloaky nezávislými otvory po stranách močové papily.
Mezi vaječníkem a vejcovodem není žádné přímé spojení. Zralé vajíčko vypadne do tělní dutiny prasklinou ve stěně folikulu, kutálí se dolů játry a končí v nálevce vejcovodu, která se do této doby prudce zvětšuje. Díky peristaltickým kontrakcím stěn vejcovodu se vajíčko postupně pohybuje po vejcovodu, je oplodněno, poté je v oblasti skořápkových žláz pokryto želatinovou proteinovou membránou a na ní – téměř ve všech vejcích -nosné druhy – s hustou rohovitou membránou, často s výrůstky a provazci. Tato skořápka chrání vajíčko a vyvíjející se embryo před dehydratací v mořské vodě, před mnoha predátory a mechanickým poškozením. Pomocí výrůstků nití jsou vajíčka zavěšena na řasách a ulpívají na nerovnostech podmořských skal. Vejce jsou velká a obsahují hodně žloutku. U heterozubých žraloků o délce asi 1,5 m je délka pouzdra vajíčka přibližně 10 cm, kosočtvercové paprsky o délce 1 m snášejí vejce 10×6 cm; protáhlá jikry chimér dosahují 20 cm.Plodnost chrupavčitých ryb je nízká. Obvykle se pokládají 1-2 najednou, zřídka 10-12 nebo se po nějaké době pokládka opakuje. Pouze žralok polární, dosahující 5-8 m, klade až 500 vajíček o délce asi 8 cm.
Vejce rejnoka (Rajomorphii)
Velké zásoby žloutku ve vejcích chrupavčitých ryb určují absenci úplného rozdrcení vajíčka: rozdělena je pouze část relativně chudá na žloutek na zvířecím pólu. Vznikne embryonální disk plovoucí na žloutku, na jehož zadním okraji probíhá gastrulace a poté se zde embryo oddělí. Zbývající části zárodečného disku přerůstají přes žloutek a tvoří žloutkový váček. Vzniklé embryo je spojeno se žloutkovým váčkem ledvinovým provazcem, kterým procházejí krevní cévy. Jak je žloutek asimilován embryem, velikost žloutkového váčku se zmenšuje a jeho zbytky jsou před vylíhnutím zataženy do břišní dutiny embrya. Vývoj husté skořápky, která brání přístupu kyslíku k vejci, vedl k výskytu mnoha typů vnějších žáber v embryích; Před vylíhnutím se rozpouštějí.
Embryonální vývoj jde pomalu. U heterozubých žraloků trvá až 7, u kočičích žraloků – až 8-9, u diamantových paprsků – od 4 do 14 a u chimér – až 9-12 měsíců. Mládě vylíhnuté z vajíčka se od dospělých ryb liší pouze velikostí a je docela schopné samostatného života.
Mnoho žraloků a rejnoků se vyznačuje ovoviviparitou; Oplodněná vajíčka jsou zadržována v děložních částech vejcovodů. Mezi embryem a tělem matky neexistují žádná zvláštní spojení: vývoj probíhá díky energetickým zásobám vajíčka, ale embryo zřejmě dostává kyslík osmózou a difúzí z těla matky. Mláďata se rodí plně dospělá a schopná samostatného života. Z mořské lišky Alopias vulpes se vyvinou 2–4 mláďata, při narození dosahují délky 1–1,5 m, samice říčního – Squalus acanthias po 6–7 měsících březosti přináší 12 až 30 žraloků o délce 20–26 cm a žralok tygří – Galecerdo cuvieri – až 30-80 mláďat 45-50 cm dlouhá.U žraloků sledě p. Embrya lamny, využívající zásobu svého žloutkového váčku, požírají neoplozená vajíčka nahromaděná v děloze; samice rodí 3-5 mláďat o délce až 75 cm.
Konečně u některých žraloků a rejnoků můžeme mluvit o skutečné viviparitě, kdy mezi embryem a mateřským tělem vznikají úzké vazby. U žraloků p. Mustelus se současně vyvíjí až 20 a u kladivouna Sphyrna – dokonce až 30-40 embryí. Žloutkový váček, vytvořený kolem žloutku a zásobený krevními cévami embrya, po použití žloutku přiroste ke stěně dělohy; objeví se druh placenty: krevní cévy plodu a matky leží blízko sebe; Osmózou a difúzí se kyslík a živiny z krevního řečiště matky dostávají do krevního řečiště embrya a produkty rozkladu se dostávají do krevního řečiště matky. Je zajímavé poznamenat, že taková „placenta“ žraloků byla poprvé popsána Aristotelem (IV. století před naším letopočtem). U některých rejnoků (u rejnoků Dasyatis, Pteroplatea a řady dalších druhů) se na stěnách dělohy tvoří prstovité výrůstky, prorůstající do výstřiků embrya; žlázové buňky těchto výrůstků vylučují výživnou tekutinu do hltanu embrya, který polyká. Rejnoci přitom rodí až 6–12 mláďat, manta obrovská však rodí jen jedno.
Vnitřní oplodnění, velká vajíčka obsahující značné zásoby živin (což zajišťuje narození plně zformovaného, silného mláděte), silná vnější skořápka vajíčka a konečně rozšířená ovoviviparita a dokonce viviparita – adaptace, které výrazně snížily embryonální a postembryonální mortalitu. To zajišťuje existenci s obecně nízkou plodností ve srovnání s jinými vodními živočichy. Taková „ekonomická“ reprodukce nepochybně přispěla k zachování chrupavčitých ryb a pomohla jim zaujmout přední místo v komplexních, na život bohatých moderních biocenózách Světového oceánu.
Centrální nervový systém a smyslové orgány. Ve srovnání s cyklostomy chrupavčité ryby nejen zvětšují relativní velikost mozku a míchy (proto se zvyšuje počet nervových buněk), ale zvyšuje se diferenciace úseků a spojení mezi nimi se stává složitější.
Zvyšuje se relativní velikost předního mozku (telencephalon). Zdá se, že podélná rýha procházející shora zvnějšku jej rozděluje na hemisféry, ale uvnitř toto rozdělení ještě není přítomno. Čichové laloky jsou velmi velké. Nervové buňky (šedá hmota) tvoří shluky nejen v čichových lalocích a v striatálních tělech na dně předního mozku, ale v souvislé vrstvě vystýlají i dutinu komor. Funkčně je přední mozek nejvyšším centrem pro zpracování informací přijatých z čichových orgánů. Spojení mezi předním a středním mozkem a diencefalem zajišťují jeho účast na regulaci pohybu a chování.
Masivní diencephalon (diencephalon) má dobře vyvinuté zrakové pahorky. Na dorzální straně je epifýza a na ventrální straně hypofýza. Vzniká chiasma (chiasma) zrakových nervů. Diencephalon slouží jako primární zrakové centrum, podílí se na zpracování informací z jiných smyslových orgánů, hraje roli v koordinaci pohybů a prostřednictvím hormonální činnosti žláz s ním spojených (hypofýza a epifýza) se podílí na regulace metabolismu a jeho sezónní změny.
Střední mozek (mezencephalon) je dobře vyvinutý, ale jeho relativní velikost je mnohem menší ve srovnání s kostnatými rybami. Shora je rozdělen na dva optické laloky, ve kterých končí vodivé dráhy vizuálního analyzátoru. Vznikají spojení mezi středním mozkem a mozečkem, prodlouženou míchou a míchou. Mozeček je velký a pokrývá část středního mozku a prodloužené míchy. U žraloků se oproti rejnokům nejen zvětšují relativní velikosti mozečku, ale na jeho povrchu vzniká složitý systém konvolucí. Mozeček udržuje svalový tonus, rovnováhu a celkovou koordinaci pohybů; uzavírá reflexy spojené s receptory orgánů postranní linie. Medulla oblongata (myelencephalon) je protáhlá a má jasně definovanou kosočtvercovou jamku – objemnou dutinu čtvrté komory. Jedná se o centrum pro regulaci reflexní činnosti míchy a autonomního nervového systému, koordinaci práce pohybového, oběhového, dýchacího, trávicího a vylučovacího systému. Jsou zde umístěna jádra vestibulárního aparátu a orgány postranní linie a spojení s jinými částmi mozku umožňují jádrům prodloužené míchy podílet se na vývoji reakce těla na signály z jiných smyslových orgánů. U ryb, které mají elektrické orgány, jsou jejich výboje regulovány činností speciálních elektrických jader prodloužené míchy.
Z mozku chrupavčitých ryb odchází 10 párů dobře vyvinutých a symetricky umístěných hlavových nervů; XII pár hlavových nervů je špatně vyvinutý.
