Ryby mají mnoho orgánů společných s většinou obratlovců. Ale ryby mají také jedinečné orgány, jako jsou žábry a plavecký měchýř, které jsou specifické pouze pro ně.
plynový měchýř 
Plavecký měchýř je zvláštní podlouhlý orgán naplněný plynem umístěný pod páteří a má vzhled elastického vaku. Plavecký měchýř pomáhá rybám udržet vztlak ve vodě. Obsahuje plyny jako dusík, kyslík, oxid uhličitý. Při změně atmosférického tlaku ryba resetuje „objem“ bubliny nebo jej získá a změní vrstvy vody na mělčí nebo hlubší. Množství plynu v bublině a její objem jsou regulovány reflexně: když je ryba ponořena do vody a statický tlak se zvyšuje, dochází k vylučování plynu a smršťování nádrže; když ryba vyplave na hladinu a tlak se sníží, nasaje se plyn a nádrž se natáhne. Pro regulaci množství plynu v močovém měchýři ryba polyká vodu nebo se plyn uvolňuje z krevních cév. Malý počet druhů ryb nemá plavecký měchýř. Jedná se o dnové a hlubinné ryby (babry, platýs, hrudci), některé rychle plavající ryby (tuňák, bonito, makrela) a také všechny chrupavčité druhy.
Gills
Ryby mají jedinečný dýchací systém. Získávají kyslík z vody pomocí žaber. Žábry jsou hlavním dýchacím orgánem ryb, podílejí se také na metabolismu voda-sůl a vylučují čpavek a močovinu. Žábry jsou umístěny v žaberní dutině, pokryté operkulem. Skládají se z obloukovité kosti a k ní připojených tyčinek zevnitř a okvětních lístků (listů) k ní připojených zvenčí. Při žaberním dýchání kostnatých ryb se voda dostává do hltanu ústy, prochází mezi žaberními vlákny, uvolňuje kyslík do krve, přijímá oxid uhličitý a opouští žaberní dutinu ven.
Neobvyklé dýchání ryb. Labyrintové ryby.
Některé akvarijní ryby, jako bojovnice siamská (Betta splendens), gurami (Trichogaster) a lalius (Colisa), mají schopnost dýchat atmosférický vzduch. Dělají to pomocí speciální dýchací struktury známé jako labyrint. Ve svém přirozeném prostředí žijí labyrintové ryby obvykle ve vodních plochách s velmi nízkými hladinami rozpuštěného kyslíku, jako jsou bažiny, malé rybníky a rýžová pole.
Labyrintový aparát je párový orgán, umístěný nad žábrami, strukturou podobnou naší nosní dutině (skládá se z mnoha tenkých kostních destiček pokrytých sliznicí s velkým počtem krevních cév). Při nádechu vstupuje atmosférický vzduch do komůrek labyrintu posetých cévami a obohacuje krev kyslíkem.
Labyrintové ryby pravidelně stoupají k hladině vody, aby polykaly vzduch. Mimochodem, pokud je o tuto příležitost připravíte, jednoduše se udusí, to znamená, že žábry v tomto případě sdílejí dýchací funkci s labyrintem, ale nenahrazují ho.
Neobvyklé dýchání ryb. Lungfish.
Existují ryby, které dokážou absorbovat kyslík jak z vody, tak ze vzduchu s téměř stejným úspěchem – plicník. Někteří z nejstarších zástupců ichtyofauny.
Plicník má kromě žaber orgán, jehož funkce jsou podobné našim plícím. Bylo prokázáno, že se vyvinul z plaveckého měchýře a v průběhu evoluce získal buněčnou strukturu a síť kapilár. Někteří vědci se domnívají, že to byl plucňák, kdo předvídal příchod živočichů z vodního prostředí na pevninu.
Moderní plíce dýchají „plíce“ – metrový amazonský lepidosiren, dvoumetrový orobinec australský a tři druhy afrických protoptera. Ty druhé mezi rybami jsou šampióny bezvodého života: když nádrž úplně vyschne, mohou se zahrabat do země a sedět tam déle než šest měsíců a dýchat atmosférický vzduch.
